Bagi calon mahasiswa baru yang memiliki prestasi baik dan minat khusus pada jurusan tertentu disediakan beasiswa dari UIN Sunan Kalijaga.
Beasiswa BIDIK MISI bagi calon mahasiswa baru yang berprestasi dan berasal dari keluarga kurang mampu. **
Lembaga-lembaga pemerintah dan swasta yang selama ini memberikan beasiswa kepada para Mahasiswa Berprestasi UIN Sunan Kalijaga antara lain adalah:
a. Kementerian Agama
b. Bank Indonesia
